Les travaux d'entretien finis, La Calypso se rend sur le site de nombreux naufrages du temps des galions espagnols". C'est au Nord-Est d'Haïti, de Saint-Domingue et à l'Est de Cuba que se trouve donc le récif "Le Banc d'argent" où La Calypso ira à la recherche du galion espagnol "La Nuestra Senora de la Conception" qui sombra le 2 novembre 1641.
Lors de cette mission se trouveront à bord de La Calypso :
- JY et Simone Cousteau
- Le docteur Tassy
- Le chef mécanicien Philippe Sirot
- Les mécaniciens : Roger Dufrêne, Marius Orsi, René Robino
- Les plongeurs : Amaddio, Lagorio, Kienszy, Coll, Zuena
- Responsable de l'équipage : J. Paul Bassagel
- Les savants : Remy de Haenen, Frédéric Dumas
- Capitaine : Claude Caillart
- Les caméramans et photographes : Deloir, Marcel Forcherie, Delmotte, J. Clair, Riant, Bonnici, Omers, Foulon, Agostini
- Monteurs du film : John Soh
Malgré les fouilles incessantes, épuisantes, après avoir bougé plus de 300 tonnes de débris de coraux, les hommes de La Calypso n'auront découvert aucun trésor à proprement dit (pièces d'or, bijoux).
Par contre ils auront remonté à la surface :
- plusieurs sortes de canons
- des caps moutons
- des pierres à fusils
- des céramiques de Samadet (Landes)
- une balance romaine
- des poinçonnés datés de 1756 (grâce à cette date, preuve que le navire n'est pas celui recherché)
- des boucles de ceinture
- des boulets de poinds différents
- des pièces de
- des chaudrons
- une ancre
- des clous.
Cette mission est relatée dans le livre et le film du même nom : Un trésor englouti.
Mission au Lac Titicaca
Pour la réalisation de cette mission, une équipe de La calypso se rendra via le train sur le plus haut lac du monde navigable à près de 3810 mètres du niveau de la mer. Cette étendue d'eau se nomme le Lac Titicaca, il se trouve au Sud-Est du Pérou et à l'Ouest de la Bolivie, au coeur de la Cordillère des Andes.
La mission s'écoulera de 2 octobre au 20 septembre 1968. La Calypso accostera au port péruvien de Matarani. Les hommes responsables de la mission ainsi que la soucoupe plongeante effectueront le voyage par un train des plus rustiques.
Les plongeurs y rencontreront le peuple des Roseaux (les Urus), ils seront hébergés dans leur maison flottante. Ils dégusteront leur alcool réalisé à base de tubercules de Totora. Cousteau fera l'acquisition de 2 embarcations traditionnelles faîtes de roseaux dont une sera exposée au musée de Monaco.
Durant leur plongée, ils découvriront des poteries anciennes, des fossiles confirmant que le fond du lac fut le fond de l'océan. Ils feront la découverte d'un crapaud géant qui à la particularité d'être démuni de branchies et de posséder des poumons très atrophiés. Malheureusement, ils ne purent confirmer l'existence de la chaîne en or qui rattache les 2 îles du lac. Cette mission fut relatée dans le livre "Trois aventures de La Calypso" ainsi que dans le film "la légende du Lac Titicaca".
Du 20 novembre au 25 décembre 1968, La Calypso effectuera un voyage qui l'emmènera à s'amarrer aux abords de Long Beach (USA).