Du 26 décembre 1968 au 20 avril 1969, La Calypso naviguera le long des côtes américaines et mexicaines pour y étudier les éléphants de mer.
Pour mieux étudier ces énormes animaux, JYC décide de débarquer une équipe sur l'île de Guadalupe (à 134 miles de la Basse Californie) pour vivre directement avec ces animaux. Ils ont le désagrément de vivre sur l'île où règne une odeur pestilentielle provoquer par la présence des excrément de ces animaux.
Les plongeurs filmeront pour la première fois des vues sous-marines de leur rapport sexuel. Delmotte essaiera de capturer un gos mâle au lasso. Ils mesureront des jeunes venant de naître. Lors d'une plongée, Philippe Cousteau découvrira un cimetière marin de ces pinnipèdes qui donnera une profondeur d'âme au documentaire.
Vous pouvez retrouver cette mission dans le film "Le retour des éléphants de mer" et dans le livre "Compagnons de plongée".
A la même période, La Calypso part voguer le long des côtes de Californie, elle ira à la rencontre des baleines grises. Aidés par le professeur Ted Walker, les hommes de Cousteau essaieront de sauver un jeune baleineau échoué sur un banc de sable. Malgré les soins qui lui seront apporter, le jeune Jonas finira par mourir. Les plongeurs filmeront ces énormes cétacés mettre bas et s'accoupler. Leurs moeurs seront étudier. Un documentaire en sera réalisé. Il sera intitulé "Les baleines du désert". Un livre en sera tiré et édité sous le titre "Nos amies les baleines".
Le 12 avril et durant 7 jours, l'océan devient un lieu de débauche totale, une orgie sexuelle sans aucune retenu se produit. Comme par enchantement, des millions et des millions de loligo opalescens se retrouvent pour s'accoupler et mourir. Ces invertébrés sont plus connus sous le nom de calamars. Alors que les requins rodent autour de ces animaux pour se rassasier, Cousteau fait descendre la soucoupe SP350 piloter par Falco. La profusion de ces animaux permettra au cuistot de la Calypso de servir ces calamars à toutes les sauces et à tous les repas. Le côté scientifique de la mission sera assurée par la zoologiste de l'université de Californie du Sud : Miss June Lindsted.
Du 21 mai au 3 juin 1969, La Calypso naviguera dans les eaux entre Los Angelés et San Diego tout près de l'île de Catalina et d'Isthmus Baie. Les hommes réaliseront de nombreuses photos et prises de vues sous-marines de baleines, dauphins et orques.
Les plongeurs cinéastes de La Calypso resteront un total de 16 heures dans l'eau, ils épuiseront 36 bouteilles d'oxygène et réaliseront 2 kms de prises de vues. Le documentaire qui en sera réalisé se nommera "La nuit des calamars" et la mission, elle sera relatée dans le livre "Pieuvre, la fin d'un malentendu".
Le 1er juin 1969, dans la bais d'Isthmus, au large de l'île de Santa Catalina, La Calypso sera rejoint par 6 autres submersibles miniatures. Accompagné de ces 2 puces de mer, Cousteau filmera le Beaver, le Rockwell, le Dowb, le Deepquest, le Star 2 et le Nekton évolués sous la mer.
Pour des fins promotionnelles, JYC réalisera un documentaire intitulé "Ces incroyables machines plongeantes".
Avant de continuer son périple vers le Nord des Etats-Unis, La Calypso s'attardera dans le port de Seattle. Les plongeurs s'immergeront dans la forêt de Kelps (algues géantes) pour y rencontrer des loutres à foururre. Rencontre que l'on peut retrouver dans le livre "Saumons, loutres et castors" sous le paragraphe : La beauté des loutres de mers.
Par la suite, La Calypso rejoindra Anchorage en Alaska puis les Iles Aléoutiennes. Avant de continuer plus son périple, La Calypso dépose une petite équipe sur l'île de Kodiac, le 30 juin jusqu'au 15 août. Cette équipe sera composée de Falco, Delmotte, Omer, Renoir, Arrieu, Innocenti.
Partis étudier la remontée des saumons rouges vers leur lieu de ponte, ils rencontreront aussi l'ours de Kodiac. Leur péripétie sera relaté dans le documentaire "La tragédie des saumons rouges" et dans le livre "Saumons, castors et loutres".
Aux alentours du 21 juillet 1969, La Calypso vogue dans les eaux de l'Alaska et jettera l'ancre au large de l'Ile d'Amchitka qui se situe dans le chapelet des Iles Aléoutiennes. Là, au milieu d'algues géantes appelé kelps, elle ira à la rencontre des loutres de mer à fourrure. Pour mieux les étudier, Cousteau, secondé par le scientifique K.W. Kenyon, fera installer certains de ces animaux dans un endroit propice pour les regarder évoluer, vivre et mieux les filmer.
Ce fut après la réalisation de ce film sur les saumons que Yves Omer reçut pour la seconde fois un Emmy award. Le premier il le reçut conjointement avec deux autres cinéaste pour le film:les réseaux sous-terrain englouti
Afin de mieux comprendre ces animaux complexes, le Professeur Judson E. Vandevere et le Dr James A. Mattison viendront gonfler les rangs de l'équipage. Un documentaire sera réalisé "Le sort des loutres de mer" ainsi que le livre "Saumons, loutres et castors".
Du 29 septembre au 29 octobre, amarrée dans le port de Seattle, à des fins promotionnelles, Cousteau et certains de ces hommes iront rejoindre le docteur scientifique Joan Duffy pour réaliser un documentaire sur les pieuvres et les poulpes. Pour cette semi-mission, des documents réalisés au large de l'Ile de Porquerolles seront aussi utilisé. Toutes les données se retrouvent dans le livre "Pieuvres la fin d'un malentendu" et dans le documentaire "Pieuvre, petite pieuvre".
Novembre 1969, relâche dans le port de Seattle, retour de la plupart des hommes de La Calypso en France.