Une expédition d'océanographie et de biologie sera réalisée par le professeur Péres. Il y recensera la faune et la flore au large d'Ajaccio. Au printemps de la même année, La Calypso part une mission en Méditerranée avec le professeur Romanovsky.
Du 1er septembre au 6 octobre, importante expédition avec le professeur Lacombe au large de Spartel (Maroc) pour y étudier les courants marins et y approfondir des résultats hydrologiques. Par la suite, exploration en soucoupe du canyon est de Cassidaigne avec le scientifique Laborel.
Durant le mois d'octobre, Cousteau s'insurge sur l'idée que les savants français ont de vouloir enfouir des fûts radio-actifs par plus de 650 mètres de profondeur dans la fosse marine entre Antibes et la Corse. Un conflit verbal entre Le Général de Gaulle et JYC prendra forme durant la visite du Président de la République au musée de Monaco.
Le 10 décembre 1960, dans le port de Monaco fut baptisée "l'amphitrite", le plus grand canot pneumatique du monde co-produit par la société zodiaque, Cousteau et la National Society Géographic.
En 1961, après un nouveau carénage, La Calypso part en mission scientifique avec les professeurs :
- Bourcard
- Ivanoff
- Leenhart
- Devèze
- Peres
- Les ingénieurs atomiques du Saclay.
D'un autre côté, nombre de savants vont profiter de la soucoupe SP350 :
- Daniel Reys
- Claude Monniot
- Lucien Laubier
- Louis Dangeard
- Pierre Drach
- Jacqueline Devos (1ère femme)
Ensuite avec Papa Flash, La Calypso testera son nouveau sonar à balayage latéral nommé poisson (torpille jaune). Par la suite, avec le professeur René Guy Busnel, elle enregistrera les sons émis par les dauphins en liberté. Automne 1961, expédition en Amérique du Sud, en direction de "Récifs au brésil" avec à son bord :
- Jacques Frest
- Charles Roux
- Petronio Alves Coelho
- James Blair (photographe)
Ils étudieront ensemble le plancton, les sédiments, la faune et la flore entre le Brésil et l'Argentine. retour à Marseille après un voyage de 16 350 miles.