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Pour se première véritable mission, le 24 novembre 1951, La Calypso file directement vers les eaux de la Mer Rouge, aux îles Farasan, via la Méditerranée avec à son bord :

- JYC et Simone COUSTEAU

- Haroun Tazieff dit "Garouk"

- Pierre Drach : biologiste à la Sorbonne

- Claude Francis Boeuf : océanographe et sédimentologue

- Gustave Charbonnier : chercheur au muséum de Paris

- Claude Levy : maître à la station de Roscoff

- Wladimir Nesteroff : chercheur

- Bernard Calam : géologue au CNRS

- Jacqueline Zang : scientifique

- François Saoût : capitaine

- René Montupet : chef mécanicien

- Jean Beltran : chef de pont

- Octave Léandri : mécanicien

- Jean-Loup Nivelleau de la Brunière : médecin

- Fernand Hanen : cuisinier

- Paul Martin : électricien

- Alexis Sivirine : ingénieur

- Frédéric Dumas : plongeur

-Jean de Wouters d'Oplinter : ingénieur.

Cette mission permit d'étudier les fonds marins ainsi que la géologie de ces derniers. Sur certaines îles comme celle d'Abu-Lat, des biologistes et le vulcanologue Haroun Tazieff étudieront la faune et la flore.

Etude des crabes Ocypodes sur les plages de l'ile de Marmar. Ces crabes creusent des galeries dotées de 2 issues et dont la profondeur peut atteindre environ 2 mètres. Parfois ils construisent des pyramides de sable pour en marquer la position.

Durant cette période, La Calypso subit ces premiers avaries. Panne des deux moteurs simultanément due à un collier d'arrivée d'essence mal serré. Lors de son escale à Port Tewfic, le Commandant Cousteau faillit être abattu par des terroristes locaux à cause de leur confusion vue sa tenue d'officier semblable à celle des marins anglais.

Cette mission se trouve relatée dans le livre d'Haroun Tazieff "L'eau et le feu" ainsi que dans le concours médical n°18 du 2 mai 1953 relatif au doctorat du docteur Nivelleau.

La mission durera jusqu'au 5 février 1952, date à laquelle surviendra le dramatique accident d'avion qui coûtera la vie à Jacqueline Zang et Claude-Francis Boeuf.

Notes prises dans le livre « La Mer » Editions Larousse

Étude des récifs de coraux par -70 mètres en scaphandre autonome par le professeur de zoologie à la sorbonne de Pierre Drach. A cette occasion, il se munira de leviers et de filets pour récolter des échantillons de la faunes fixées. Il emportera un manomètre ainsi qu'une planchette et d'un crayon afin de noter, pour chaque profondeur, les espèces caractéristiques et leurs associations.

Fréderic Dumas plaçait sous l'eau, aux endroits reconnut comme les plus intéressants, de très petites charges de dynamite et c'est en plongeant après la détonation qu'il allait récolter ensuite les spécimens tués par l'explosion.

La photographie en couleur, la stéréo photographie mise au point par Jean De Wouters et la cinématographie viennent utilement compléter les travaux scientifiques fait sur la Calypso.

A cette époque, pour réduire au maximum l'effet de roulis sur la Calypso lorsque celle-ci est a l'ancre, JYC fait disposer de chaque côté latéral de son navire 2 flotteurs en caoutchouc dont la mise en place n'exige que très peu de temps. Ce procédé est simple et ingénieux. Ces flotteurs jouent le même rôle que les balanciers sur les pirogues indonésienne. Malgré tout, le principe ne sera pas retenue et finira par être abandonné alors que le matériel lui se perfectionnait.