Pour sa première véritable mission, le 24 novembre 1951, La Calypso file directement vers les eaux de la Mer Rouge, aux îles Farasan, via la Méditerranée avec à son bord :
- JYC et Simone COUSTEAU
- Haroun Tazieff dit "Garouk" vulcanologue
- Pierre Drach : biologiste à la Sorbonne
- Claude Francis Boeuf : océanographe et sédimentologue
- Gustave Charbonnier : chercheur au muséum de Paris
- Claude Levy : maître à la station de Roscoff
- Mercier: biologiste spécialiste des éponges
- Wladimir Nesteroff : chercheur géologue
- Bernard Calam : géologue au CNRS
- Jacqueline Zang : scientifique
- François Saoût : capitaine
- René Montupet : chef mécanicien
- Jean Beltran : chef de pont"quartier-maitre"
- Jacques Ertaud: photographe
- Octave Léandri : mécanicien
- Jean-Loup Nivelleau de la Brunière : médecin
- Fernand Hanen : cuisinier dit "blanc"
- Paul Martin : électricien
- Sauvage : radio
- Alexis Sivirine : ingénieur
- Frédéric Dumas : plongeur
- André Guilcher: géographe faculté nancy
-Jean de Wouters d'Oplinter : ingénieur, photographe stéréoscopique sous-marin
-Dupas: ancien lieutenant parachutiste
Cette mission permit d'étudier les fonds marins ainsi que la géologie de ces derniers. Sur certaines îles comme celle d'Abu-Lat, des biologistes et le vulcanologue Haroun Tazieff étudieront la faune et la flore.
Etude des crabes Ocypodes sur les plages de l'ile de Marmar. Ces crabes creusent des galeries dotées de 2 issues et dont la profondeur peut atteindre environ 2 mètres. Parfois ils construisent des pyramides de sable pour en marquer la position. Durant cette période, La Calypso subit ces premières avaries. Panne des deux moteurs simultanément due à un collier d'arrivée d'essence mal serré. Lors de son escale à Port Tewfic, le Commandant Cousteau faillit être abattu par des terroristes locaux à cause de leur confusion vue sa tenue d'officier semblable à celle des marins anglais.
Cette mission se trouve relatée dans le livre d'Haroun Tazieff "L'eau et le feu" ainsi que dans le concours médical n°18 du 2 mai 1953 relatif au doctorat du docteur Nivelleau.
La mission durera jusqu'au 5 février 1952, date à laquelle surviendra le dramatique accident d'avion qui coûtera la vie Claude-Francis Boeuf(l'avion qui le conduisait vers la Calypso percute une montagne en Abyssinie) et a Mdme Jacqueline Zang sur la route du retour.